O controle de Qualidade dos testes de sensibilidade a antimicrobianos deve ser feito desde a preparação dos meios de cultura - pH, volume de meio por placa, espessura do meio, esterilidade, eficiência, etc - até o uso de cepas de referência, como a Escherichia coli ATCC 25922, a Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853 e o Staphylococcus auerus ATCC 25923. A última edição do CLSI apresenta os limites aceitáveis dos resultados dos testes de difusão com as três cepas ATCC.
Além do controle de qualidade interno, é fundamental que o laboratório participe de um programa de controle de qualidade externo como o da Sociedade Brasileira de Patologia ou o da Sociedade Brasileira de Análises Clínicas, para que o laboratório possa ter os seus resultados comparados com os de outros laboratórios de bom nível de sua região e do restante do país.
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